Pokuta za kontrolní hlášení: Nová pravidla a lepší šance na odpuštění

Ladislav Suja
4. 9. 2025

Jste plátce DPH a už se vám někdy stalo, že jste nestihli podat kontrolní hlášení? Pak víte, že za to hrozí nemalé pokuty. Dobrou zprávou je, že Ministerstvo financí a Generální finanční ředitelství vydalo nový Dodatek č. 10 k pokynu GFŘ-D-29. Tento dodatek, platný od 15. července 2025, přináší řadu změn, které mohou výrazně zlepšit vaše šance na odpuštění pokuty!

Co je kontrolní hlášení a proč je tak důležité?

Kontrolní hlášení je speciální výkaz, který plátci DPH posílají finanční správě. Obsahuje informace o fakturách, které vydali a přijali. Pokud ho nepodáte včas nebo ho nepodáte vůbec, hrozí vám pokuty, jejichž výše se odvíjí od závažnosti prohřešku (od 1 do 50 tisíc korun).

Poloviční výše pokut?

Už nyní platí, že výše pokut může být poloviční, pokud jste:

  • společnost s ručením omezeným s jediným společníkem, který je fyzickou osobou
  • fyzická osoba
  • právnická osoba s kalendářním čtvrtletím jako zdaňovacím obdobím

Kdy vám může být pokuta odpuštěna?

Pokud vám uloží pokutu za nepodání kontrolního hlášení, můžete požádat o její prominutí. Žádost je třeba podat do 3 měsíců od nabytí právní moci platebního výměru. Počítejte s poplatkem ve výši tisíc korun za každý daňový subjekt a každou daň, které se žádost týká.

Než správce daně začne zkoumat, jestli pokutu prominout, nejdříve prověří, zda jste v posledních 3 letech závažným způsobem neporušili daňové nebo účetní předpisy. Mezi taková závažná porušení může patřit například:

  • status nespolehlivého plátce
  • pravomocné odsouzení za určité daňové trestné činy
  • neuhrazené zajišťovací příkazy
  • stanovení daně podle pomůcek
  • opakované nepodávání daňových přiznání
  • pokuta za porušení účetních předpisů
  • nevedení řádné evidence

Pokud skutečnosti uvedené výše nevyloučí prominutí pokuty a jsou splněné formální požadavky žádosti, teprve poté se správce daně začne zabývat objektivními „ospravedlnitelnými“ důvody, které vám bránily v plnění povinností. A právě zde přichází to nejdůležitější s Dodatkem č. 10:

  1. Více „jediných pochybení“: Dosud jste mohli u některých důvodů (body 15 a 16 tabulky ospravedlnitelných důvodů v pokynu GFŘ-D-29) využít takzvané jediné pochybení v daném roce. Nově se toto omezení ruší. To znamená, že ospravedlnitelné důvody týkající se situací, kdy jste reagovali na výzvu k podání kontrolního hlášení po lhůtě s odpovědí, že povinnost podání nevznikla nebo jste potvrdili správnost dříve podaného hlášení, můžete tyto důvody využít vícekrát v roce.
  2. Nový „volný průchod“ od roku 2025! (bod č. 18): Daňový subjekt má nyní možnost obecného prominutí jednoho pochybení vztahujícího se k plnění povinností u kontrolního hlášení, pokud k tomuto pochybení došlo po 1. lednu 2025. Tento důvod se vztahuje na pokuty ve výši 30 tisíc korun (za nepodání na základě výzvy ke změně/doplnění) a 50 tisíc korun (za nepodání na základě výzvy k samotnému původnímu podání) ZDPH. Každý kalendářní rok se posuzuje samostatně.

Praktický tip:

Tento nový důvod (bod 18) se vztahuje na specifické typy pokut. Nelze ho použít, pokud se na vaše pochybení vztahuje jiný, konkrétnější ospravedlnitelný důvod (body 1–10 a 13–17). Je to skvělá záchranná síť pro jedno opomenutí ročně.

Mezi další stávající ospravedlnitelné důvody, které stále platí, patří například:

  • závažný zdravotní stav daňového subjektu nebo jeho zástupce, který bránil podání
  • živelní pohroma (požár, povodeň, zemětřesení atd.)
  • nefunkční daňový portál Finanční správy ČR nebo systém datových schránek
  • chyba v podání kvůli dodatečnému potvrzení, které zneplatnilo řádné hlášení
  • pochybení nastalé v období po úmrtí plátce, před určením správce pozůstalosti

Pokud splňujete více ospravedlnitelných důvodů, pro výpočet se použije ten, který má nejvyšší procentuální ohodnocení (rozmezí 50–100 %).

Co snižuje výši částky, kterou lze prominout?

I když se na vás vztahuje některý ospravedlnitelný důvod, v poslední fázi správce daně posuzuje faktory, které mohou výsledně snížit výši dosud vypočtené částky prominutí pokuty.

Nově sem patří například tyto faktory:

  • máte splatný daňový nedoplatek, který je na exekučním příkazu nebo je starší šesti měsíců. V posledních třech letech jste měli více než jeden daňový nedoplatek, kvůli kterému správce daně zahájil daňovou exekuci

Kromě toho se snižuje částka prominutí například i za:

  • opakované stanovení daně podle pomůcek
  • opakované pořádkové pokuty
  • opakované pokuty za nesplnění nepeněžitých povinností nebo opožděné tvrzení daně

Tato porušení mohou snížit částku k prominutí zpravidla o 50 procent.

Změny v DPH a zjednodušení daňového systému

Nová pravidla jsou pro daňové subjekty celkově příznivější. Zejména nový bod č. 18 tabulky ospravedlnitelných důvodů je důležitou změnou, která od roku 2025 zavádí „bonus“ na prominutí vybraných pokut za kontrolní hlášení jednou ročně.

I nadále platí, že je nejlepší plnit své povinnosti včas a řádně. Pokud se nicméně stane chyba, máte nyní jasnější a v některých aspektech i širší možnosti, jak požádat o prominutí pokuty. Nezapomeňte, že finanční správa nemusí důvody pro prominutí zjišťovat sama – musíte je pečlivě popsat a doložit ve vaší žádosti – toto ovšem neplatí u výše zmíněného obecného bodu č. 18 tabulky. Dá se tedy zjednodušeně tvrdit, že za splnění ostatních obecných podmínek je toto prominutí „paušální“ bez dokládání bližších důvodů.

Rádi vám s problematikou v této oblasti pomůžeme, proto nás v případě zájmu neváhejte kontaktovat.

Ladislav Suja

t: +420 712 563 828

m: ladislav.suja@roedl.com


© 2026 Platební instituce Roger a.s.
linkedin facebook pinterest youtube rss twitter instagram facebook-blank rss-blank linkedin-blank pinterest youtube twitter instagram